Năm 195, trong vụ biến loạn ở kinh thành Trường An, Lý Thôi và Quách Dĩ trở mặt đánh nhau, Hán Hiến Đế thoát khỏi sự kìm kẹp của hai người, chạy về phía đông, được Dương Phụng, Đổng Thừa và Hàn Tiêm hộ giá. Đến giữa năm 196, xa giá tới Lạc Dương.

Đổng Chiêu đi tìm Dương Phụng, thấy các cánh quân bên cạnh hoàng đế đều yếu, chỉ có Dương Phụng có chút thực lực nhưng địa bàn nhỏ bé. Ông bèn nhân danh Tào Tháo viết thư gửi Dương Phụng, trước hết ca ngợi Dương Phụng cứu thiên tử, sau đó khuyên nên liên hợp với nhau để chung sức giúp vua theo phương thức: Dương Phụng làm tướng quản lý triều chính, Tào Tháo sẽ làm ngoại viện cung cấp lương thảo. Dương Phụng đang cô thế, rất tán đồng ý kiến đó[4]

Năm 196, Tào Tháo nghênh đón Hán Hiến Đế. Đổng Chiêu đến gặp Tào Tháo. Tào Tháo rất cảm tạ ông đã 2 lần âm thầm giúp đỡ mình. Ông lại hiến kế cho Tào Tháo[5]:

Tướng quân cử nghĩa quân trong biến loạn, đưa thiên tử vào triều, phò tá vương thất, đó là sự nghiệp của Tề Hoàn công và Tấn Văn công năm nào! Nhưng lúc này số tướng lĩnh bên cạnh thiên tử khác người khác lòng, chắc gì họ đã phục tùng. Nếu cứ ở Lạc Dương phò tá hoàng thượng thì sự thể sẽ bất tiện. Tướng quân nên di giá về Hứa Xương. Việc này không dễ dàng gì, vì trước đây Đổng Trác dời giá vào Trường An, dân chúng đã oán thán bội phần. Nhưng làm việc phi thường mới có công phi thường, mong tướng quân cân nhắc kỹ!

Tào Tháo tán đồng ý kiến của ông, nhưng còn ngại có đạo quân Dương Phụng. Đổng Chiêu trấn an Tào Tháo rằng Dương Phụng hữu dũng vô mưu, lại không có vây cánh; chỉ cần gửi thư cho Phụng giả cách mang thiên tử đi Lỗ Dương tìm lương thực, đó vốn là nơi gần Hứa Xương và cũng gần đất Lương là căn cứ của Phụng, rồi về luôn Hứa Xương định đô.

Tào Tháo nghe theo kế của Đổng Chiêu. Dương Phụng bị mắc lừa, muốn mang quân giành lại thiên tử nhưng bị Tào Tháo đánh bại, đốt cháy luôn căn cứ, phải chạy sang Hoài Nam theo Viên Thuật. Tào Tháo từ đó trở thành người nắm thiên tử sai khiến chư hầu, có công lao giúp đỡ rất lớn của Đổng Chiêu[6].

Sau đó, Đổng Chiêu lần lượt giữ các chức vụ quan trọng trong triều đình Đông Hán do Tào Tháo nắm thực quyền như Hà Nam doãn, Châu mục Ký châu, Châu mục Từ châu, Gián nghị đại phu.